南京醫科大學第二附屬醫院婦科現為江蘇省省級臨床重點專科，江蘇省婦幼健康重點科室，國家衛健委四級婦科內鏡手術培訓基地，江蘇省腔鏡培訓基地，國家藥物臨床試驗基地，國家住院醫師規范化培訓基地，南京醫科大學博士及碩士授予點，江蘇大學研究生培訓基地，東南大學研究生及留學生培訓基地；是醫院重點打造的優勢學科；目前床位共有55張床，診療范圍覆蓋婦科惡性腫瘤，盆腔器官脫垂，子宮內膜異位癥，以及婦科子宮卵巢良性腫瘤，宮頸疾病，以及宮腔粘連，生殖道畸形，月經病，宮頸機能不全等；學科近年來形成以婦科疾病微創技術為特色，其中經臍單孔腹腔鏡，經陰道單孔腹腔鏡，單孔機器人等多項手術技術達到國內國際先進水平，科室漸漸發展為集醫療、教學、科研于一體的現代化科室。