南京醫科大學第二附屬醫院普外科，為省臨床重點專科、“十三五”省醫學重點學科、省基層醫療特色科室普外科孵化中心。科室設有肝膽胰脾、胃腸、結直腸、甲乳各亞專科，共有6個病區，開放床位187張。現有醫護人員110余名，其中主任醫師12人（教授/博導2人），副主任醫師17人（副教授7人，碩導9人）。

作為省內最早開展腹腔鏡胃腸及肝膽胰手術的學科之一，精于各類肝膽胰、胃腸腫瘤、減重、甲乳、疝氣的腹腔鏡和機器人微創手術。科室近年來承擔國家及省部級課題15項，先后獲省部級獎項7項，省衛生拔尖人才1人，省優秀科技工作者1人，省醫學重點人才2人，青年醫學人才3人，六大高峰人才7人， “333高層次人才”4人及中青年領軍人才1人。