南京醫科大學第二附屬醫院兒童醫學中心是一所集內科，外科，眼科，耳鼻咽喉科、口腔科、皮膚科及兒童保健科為一體的綜合性診療中心，設有腎臟、新生兒、內分泌、消化、呼吸、血液、重癥醫學、心臟、神經、風濕免疫、感染、兒童保健、兒外等13個亞專科，其中新生兒早產救護和手足口病的防治指導覆蓋了安徽和蘇北地區，腎臟專科、內分泌專科、風濕免疫科、消化專科、呼吸專科等都擁有省內知名的專家和醫護團隊。是南京醫科大學第二臨床醫學院兒科學教學基地，兒科學碩士、博士授予點，擁有雄厚的臨床、科研、教學實力。